Die Zielsetzung dieses Beitrags besteht in der Entwicklung einer schematischen Darstellung nicht-intendierter Nebenfolgen, die durch Zielvereinbarungen und Zielvereinbarungsprozesse zwischen Bundesländern und Universitäten entstehen können. Durch die Übertragung der Transaktionskostentheorie auf Zielvereinbarungen zwischen Wissenschaftsministerien und Universitäten können nicht-intendierte Nebenfolgen der Vereinbarungsprozesse in Form von Transaktionskosten sichtbar gemacht werden. Die Analysebasis ist der qualitative Fallvergleich differenter Zielvereinbarungen sowie der dahinterstehenden Vereinbarungsprozesse vor dem Hintergrund der Transaktionskostentheorie. Drei Zielvereinbarungen aus verschiedenen Bundesländern, die sich durch unterschiedliche Gestaltungsmerkmale auszeichnen, werden dazu im Rahmen einer Dokumentenanalyse betrachtet. Ergänzt werden diese Ergebnisse durch die Auswertung von Experteninterviews mit Vertreterinnen und Vertretern der Universitäten über ihre Sicht der Zielvereinbarungsprozesse. Ein zentrales Ergebnis der Studie ist, dass Transaktionskosten durch Zielvereinbarungen sowohl zwischen Wissenschaftsministerien und Universitäten als auch universitätsintern in mehreren Kategorien entstehen. Insbesondere lässt sich herausstellen, dass die Höhe der Transaktionskosten mit der Gestaltung der Zielvereinbarungen variiert und geringe Transaktionskosten in Zielvereinbarungsprozessen letztendlich ausschlaggebend für eine erfolgreiche Zielumsetzung sind. Die Ergebnisse dieser Arbeit können die Basis für die Formulierung wissenschaftspolitischer Empfehlungen sein, um Transaktionskosten durch Zielvereinbarungen und Zielvereinbarungsprozesse zwischen Bundesländern und Universitäten zukünftig zu mindern.