GABAC : An arithmetic coding solution for genomic data

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Voges, J.; Paridaens, T.; Müntefering, F.; Mainzer, L.S.; Bliss, B. et al.: GABAC : An arithmetic coding solution for genomic data. In: Bioinformatics 36 (2020), Nr. 7, S. 2275-2277. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz922

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Zusammenfassung: 
Motivation: In an effort to provide a response to the ever-expanding generation of genomic data, the International Organization for Standardization (ISO) is designing a new solution for the representation, compression and management of genomic sequencing data: the Moving Picture Experts Group (MPEG)-G standard. This paper discusses the first implementation of an MPEG-G compliant entropy codec: GABAC. GABAC combines proven coding technologies, such as context-adaptive binary arithmetic coding, binarization schemes and transformations, into a straightforward solution for the compression of sequencing data. Results: We demonstrate that GABAC outperforms well-established (entropy) codecs in a significant set of cases and thus can serve as an extension for existing genomic compression solutions, such as CRAM. © 2019 The Author(s). Published by Oxford University Press.
Lizenzbestimmungen: CC BY-NC 4.0 Unported
Publikationstyp: article
Publikationsstatus: publishedVersion
Erstveröffentlichung: 2020
Die Publikation erscheint in Sammlung(en):Fakultät für Elektrotechnik und Informatik

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